站務板塊經過整合，組建了南京公路客運站務有限公司，下設南京汽車客運站、汽車客運南站、汽車東站、客運北站、江寧站和葛塘站等6家客運站及南京聯網售票服務中心，管理進站班線300余條，日發客流5萬人次，高峰日發18萬人次。站務公司成立后，打破班線資源在各車站之間的流動瓶頸，根據旅客流量、流向合理調配全市班線資源，便捷更多的旅客出行需求。隨著高鐵南京北站進入十三五計劃，未來江北客運站也將依高鐵站而建，并規劃建設泰馮路客運站。
南京汽車客運站（別名：小紅山客運站、南京小紅山站）位于南京市玄武區紅山路1號，比鄰南京火車站北站房，位于紅山南路以南，南京火車站站北廣場東邊，屬于鐵路南京火車站綜合樞紐的重要組成部分。南京汽車客運站是一級客運站，現有21個常規售票窗口和10個臨時售票窗口；配備18臺自助售票機（其中1臺為現金售票機），24小時售票；車站啟用智能自助閘機，網上購票的乘客可以直接刷身份證進站乘車；車站檢票平臺劃分為上下兩層，共44個檢票門號；車站共有進站班車800多輛，客運班線380多條，正班日發班次約1100班，車站日發送旅客1.5萬人次左右，節日高峰可達6萬人次，班車遍及全國19個省64個地區。旅客可乘坐南京地鐵1號線、南京地鐵3號線至南京站到達。南京汽車客運站緊靠南京火車站，10分鐘之內步行可實現普鐵、動車、高鐵、長途汽車與公交車、出租車、地鐵、機場大巴的無縫換乘。
南京汽車客運南站位于南京市雨花臺區玉蘭路98號，是南京南部新城核心區，比鄰亞洲最大高鐵站南京南站，是中國首家實現火車、長途客運、地鐵、市內公交、出租車、社會車輛等6種運輸方式無縫鏈接和零距離換乘的新型智能化綜合樞紐汽車客運站，列為國家重點示范工程。南京汽車客運南站是一級客運站，設有發車位23個，檢票口21個，售票窗口22個，配備直升電梯及多部扶手電梯。營運班線156條，輻射范圍覆蓋山東、浙江、湖北、安徽等六省，平均日發送班車780個班次，運送旅客約1.8萬人次，節假日最高單日運送旅客量7.5萬人次。旅客可乘坐南京地鐵1號線、南京地鐵3號線、南京地鐵S1、S3號線至南京南站到達。南京汽車客運南站緊靠南京火車南站，10分鐘之內步行可實現普鐵、動車、高鐵、長途汽車與公交車、出租車、地鐵、機場大巴的無縫換乘。
南京葛塘汽車客運站為二級汽車客運站，位于南京化學工業園區寧六路400號，雍莊立交與葛塘立交之間。葛塘站區位優越輻射面廣，依托雍莊立交，北通魯冀、南達滬杭、西到皖豫、東至通揚，是省會城市南京的門戶。葛塘站服務圈輻射范圍包括南京化學工業園區、六合區、浦口區。葛塘站占地面積14畝，建筑總面積5736平方米，停車場地6000平方米，公共基礎設施配套齊全，設計日發旅客量5000人次。目前隨著地鐵S8號線的貫通，葛塘站年發送旅客已逾60萬，并實現與南京各公路客運站聯網售票和一線通配載。